کلر به دلیل خاصیت اکسید کنندگی وتجزیه کنندگی پروتین یک سم پروتیئنی است به ویژه اثر ضد باکتریایی شدیدی می باشد (برای مثال باسیل سل).

میکرو ارگانسیم ها در حال حاضر در غلظت 0.1 تا 0.25 در میلیون کلر ازبین می روند.

در نتیجه گاز کلر برای پاک کردن اب استخر های شنا با غلظت0.2 تا 0.3 میلی گرم در لیتر معمولا استفاده می شود .

ولی با غلظت های بالاتر می توان کلر ین را برای ضد عفونی توالتها استفاده کرد .

ولی با این وجود که کلر ماده ضد عفونی خوبی است ولی محدود یتهایی هم دارد زیرا بعد از مدتی خواص ان ضعیف می شود وباعث خورندگی بافتها می شود .

وقتی کلر با اب استخر تماس می گیرد به ارامی هالوژن ازاد می کند وهمین عمل سبب میکروب کشی می شود .

این ترکیب با توجه به ارزش در صد "کلر موجود " یعنی رابطه در صد میزان کلر تعریف می شود.

سموم در اغلب در محلول ابی 5 درصد برای تمیز کردن وضد عفونی زخم یا زخمهای خفیف استفاده می شود .

هیپو کلریت کلسیم برای پوست وغشاءمخاطی مضر است.

به جای ان تا حد زیادی برای ضد عفونی وگند زدایی کردن محل الوده وفاضلابها استفاده می شود زیرا به علت قیمت نسبتا کم برای این کار عالی است .

کلرامین با رقت یک دهم درصداز هیپو کلریت کمتر بافتها را تحریک می کند ومدت طولانی تری اثر ضد عفونی ان باقی می ماند به طوری که انها را می توان اماده کرد وبه صورت قرص ذخیره کرد .

قرص ها با سیزده درصد کلر از نظر قابلیت تحمل پذیری عالی هستند .

وقتی در اب حل شوند بیست وپنج دهم درصد و پنج دهم درصد حتی به عنوان ضدعفونی جراحی استفاده می شود همچنین به صورت پودری برای استرالیزاسیون اب اشامیدنی با غلظت ۲۰ میلی گرم در لیتر استفاده می شود .

در ضد عفونی ابهای اشامیدنی سالهاست از کلر استفاده می شود چه به صورت عمده در تصفیه اب شهری چه برای ضد عفونی یک لیوان اب در تولید گاز خردل که یک سلاح شیمیایی است هم از گاز کلر استفاده می کند.

برای سفید کردن کاغذ هم از گاز کلر استفاده می شود برای ضد عفونی بیمارستانها کارهای درمانی اگر زخم باز نباشد از کلر استفاده می کنند کلر برای ضد عفونی کردن ظروف هم کاربرد دارد کلر جز مواد شیمیایی است که حتی روی ویروس ایدز هم موثر است . وحتی این ویروس را که خیلی از مواد شیمیایی روی ان بی تاثیر است را هم نابود می کند در مواد اصلی حشره کش ها رنگها پلاستیکها دارو ها و منسوجات وحلالها موجود است .

کلر موجب تحریک دستگاه تنفسی می شود مخصوصا در حالت گازی باعث تخریب دستگاه تنفسی می شود حتی کاهی باعث ادم ریه (اب اوردن ریه)می شود که وضعیت بسیار ناگواری است طبق قوانین نباید بیشتر از0.8 پی پی ام ودر هفته بیش از ۴۰ ساعت با گاز کلر تماس داشته باشید تا از عوارض نا گوار ان در امان بمانید حتی از این عارضه کلر در بمبهای شیمیایی هم استفاده می کنند.

دو ایزوتوپ‌پایدار اصلی برای کلر وجود دارد با جر۳۵و۳۷ که به نسبت ۱به ۳ در طبیعت وجود دارد البته کلر به طور ازمایشگاهی دارای ۹ ایزوتوپ بین ۳۲ تا ۴۰ می باشد ولی دو ایزوتوپ ۳۵ و۳۷ در طبیعت یافت می شود ایزوتوپ ۳۵ کلر پایدار است وکلر ۳۶ رادیواکتیو می باشد .

کلر معمولا طی کلر با شیر اهک در مجاورت سدیم هیدروکسید در طی یک فرایند چند مرحله ای دوغاب پر کلرین تهیه می شود که با خشک کردن ان گرانول کلر به دست می اید معمولا این گرانول های سفید رنگ کلر با خلوص ۶۰ -۷۰ درصد به دست می اید.

کلر با استفاده از اکسیداسیون الکترولیتی اب دریا یا سنگ نمک حل شده در اب به دست می اید نمکها را در اب حل می کنند واب شور به دست می اید چون نمک طعام از کلرور سدیم تشکیل شده با حل شدن نمک در اب هم یون کلر وهم یون سدیم وجود دارد در ان هنگام جریان قدرتمند مستقیم در الکترولیت ایجاد می شود در این هنگام سدیم با اب پیوند داده وهیدروکسید سدیم ایجاد می شود و بر روی کاتد جمع می شود بایددر این ازمایش کاتد واند از هم فاصله زیاد داشته باشد زیرا گاز هیدروژن با گاز کلر واکنش بسیار شدیدی ایجاد می کند.